综合办公室:负责公章、印信、资质、公文、档案管理、党政文秘、对外宣传、机要保密、督办协调、护照管理、目标绩效考核、会议室管理等行政工作。负责党委的组织建设、政治建设、思想建设、文化建设、统战工作、老干部管理等党建工作。负责公开招聘、工资薪酬、社保医疗保险、临时工合同保险、考勤考核、职称评审、岗位聘用、人才申报等人事工作。
科研管理办公室:负责全面检查、督促全院各项科研工作的落实;组织制定院科研发展规划、年度计划并组织实施;负责重大项目申报的组织、协调和监督管理 ;组织国内外科技交流与项目合作;管理科技成果、知识产权;提出学科建设、重点实验室、科研基地建设建议;开展院科技开发、横向技术服务管理;进行图书资料管理;负责全院计算机、网络等数字信息化的维护与管理;协助院有关部门进行科研人才队伍建设和学科带头人培养工作。负责《申博太阳城》的编辑、出版、印刷与发行及广告开发工作。负责辽宁省水产学会秘书处工作。
财务管理办公室:负责全院预算编制与管理、资金支付与管理、财务决算、财务监督与审计整改等工作;依法组织收入和成本核算,负责定期编制各类财会报告;对各类经济活动进行预测、控制和监督;负责科技项目经费使用情况分析、项目立项经费审核,经费使用计划性的管理;承担各项财务规章制度的制定,负责国有资产的财务管理;承担院资源条件配置相关的统筹协调工作。
后勤管理办公室:负责安全、保卫、绿化、危险固废、卫生等管理工作;负责资产盘点处置。负责车辆、基建、维修、食堂、物质采购、仓库管理等工作。